Par Marie-Céline Ray - 20/11/2018
- Futura.
Des chercheurs américains
ont découvert par hasard 16 nouveaux virus géants dans le sol de la forêt de
Harvard.
Certains d'entre eux
possèdent les plus grands génomes jamais décrits pour des virus.
Les virus sont des agents
infectieux que l'on imagine en général plus petits que des bactéries ou des
cellules humaines.
Mais cette conception a
été complètement bouleversée ces dernières années par la découverte de virus
géants dans des milieux aquatiques ou dans le pergélisol.
Les virus géants déjà
connus, comme les mimivirus, pandoravirus, Tupanvirus, infectent souvent des
cellules eucaryotes, amibes ou algues.
Mais voici que des
chercheurs américains ont découvert par hasard 16 nouveaux virus géants dans un
échantillon de sol prélevé en mai 2017 : dans le cadre d'une étude sur le
climat, les scientifiques cherchaient, en fait, des bactéries pour savoir
comment elles s'adaptaient à l'élévation de température.
Pour leurs expériences,
ils ont mis en suspension les cellules microbiennes avec une solution de
détergent doux qui contenait un colorant de l'ADN.
Puis, ils ont utilisé la
cytométrie de flux pour isoler les cellules.
Comme les virus géants ont
des tailles similaires à celles des bactéries, ils pouvaient eux aussi être
identifiés de cette façon.
Grâce à la technique de «
mini-métagénomique », généralement utilisée pour les milieux aquatiques, 2.000
cellules ou particules ont été séquencées, faisant apparaître 16 nouveaux virus
géants.
Ces virus représentaient
de nouvelles lignées virales ou étaient proches d'autres virus géants connus :
les Klosneuvirus, le virus CroV (un virus de la famille des Mimiviridae) ou les
Tupanvirus.
Les chercheurs ont noté un
nombre important de gènes -plus de 240 - codant pour des protéines de la
capside, la structure protéique qui enveloppe le génome.
Une diversité microbienne
à explorer
Les chercheurs ont baptisé
les virus avec des noms évoquant leur origine : Dasovirus, du grec daso, pour
forêt, ou Solumvirus, du latin solum, pour sol.
Ils proposent aussi d'en
appeler un Harvovirus, en l'honneur de la forêt de Harvard où il a été trouvé.
Un autre virus, dont le
génome compte 2,4 millions de paires de bases, a été nommé Hyperionvirus en
référence à l'arbre le plus haut du monde, un séquoia. Hyperionvirus possède le
plus gros génome identifié dans la famille des Mimiviridae.
Dans un communiqué,
Frederik Schulz, l'un des auteurs de la publication parue dans Nature
Communications, a expliqué :
« Le fait que nous ayons
trouvé tous ces génomes de virus géants dans le sol était particulièrement
intriguant, car la plupart des virus géants décrits précédemment ont été
découverts dans des habitats aquatiques.
Les données métagénomiques
générées ici, à partir d'un seul site d'échantillonnage, contenaient beaucoup
plus de nouveaux génomes de virus géants que n'importe quel ensemble de données
que j'ai vu à ce jour. »
Si 16 nouveaux virus
géants ont pu être identifiés dans un seul échantillon de sol, on peut imaginer
que ces micro-organismes sont bien plus nombreux et répandus sur Terre...
Les écosystèmes microbiens
du sol ont encore beaucoup de choses à nous apprendre !
CE QU'IL FAUT RETENIR
Des chercheurs américains
ont trouvé 16 nouveaux virus géants dans le sol de la forêt de Harvard.
L’un d’eux, appelé
Hyperionvirus, possède le plus gros génome connu pour un virus.
Jusqu’à présent les virus
géants avaient été identifiés dans des milieux aquatiques ou le pergélisol.
Deux virus géants
découverts au Brésil
Article paru le 5 mars
2018
Ces deux nouveaux virus,
appelés Tupanvirus, sont si grands et si complexes qu'ils bouleversent nos
conceptions sur la définition du monde viral.
Dépassant en taille le
Pandoravirus, détenteur du précédent record, ils possèdent presque tout le
matériel génétique nécessaire pour produire leurs propres protéines.
Pourquoi ?
Comment définir un virus ?
Situés à la limite du
monde vivant, les virus sont incapables de se reproduire seuls.
En général, quand un virus
infecte une cellule, il utilise la machinerie cellulaire pour se répliquer et
fabriquer ses protéines comme celles de sa capside, la structure qui entoure le
génome.
Dans un article paru dans
la revue Nature Communications, des chercheurs français et brésiliens décrivent
la découverte de deux nouveaux virus géants.
Ils sont les plus grands
jamais décrits : visibles au microscope optique, ils mesurent de l'ordre d'un
micromètre de long, voire plus de deux micromètres, à cause de leur queue qui
peut être particulièrement longue.
Ces virus sont donc plus
grands que des bactéries.
Par comparaison, le virus
de la grippe est 10 à 20 fois plus petit !
Ces deux Tupanvirus ont
été nommés en référence au dieu Tupa, une figure de la mythologie des Guarani.
Leur nom tient aussi
compte du lieu de leur découverte :
Tupanvirus soda lake,
trouvé dans un lac, et Tupanvirus deep ocean, trouvé dans des sédiments
océaniques à 3.000 mètres de profondeur.
Les Tupanvirus possèdent
un génome complexe
Les Tupanvirus ne sont pas
les premiers virus géants décrits.
Cette passionnante saga a
commencé en 2003 par la découverte l'équipe de Jean-Michel Claverie et Chantal
Abergel, les deux fondateurs de l'IGS (laboratoire Information génomique et
structurale, du CNRS, à Luminy, près de Marseille), du Mimivirus, dont le nom
signifie « virus qui mime un microbe » (mimicking microbe).
D'autres virus géants ont
été identifiés par la suite, le record étant jusque-là tenu par le
Pandoravirus.
VOIR AUSSI :Nouméavirus,
un étonnant virus géant qui agit à distance
VOIR AUSSI :Les
pithovirus, vieux de 30.000 ans, bousculent nos idées sur le vivant
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